En octobre 2020, Martine Wonner suscite de nouveau une controverse, affirmant lors d'une prise de parole à l'Assemblée nationale, en disant s'appuyer sur les autorités sanitaires américaines, que le port du masque « ne sert strictement à rien »22. Il s'agit en réalité d'une fake news diffusée notamment par les réseaux QAnon, le Center for disease control réaffirmant quant à lui l'utilité du port du masque24,25,26,27,28. En février 2021, elle affirme avoir été « caricaturée », indique qu'elle « [reconnaît] l’utilité du masque dans les espaces clos, mais pas en milieu ouvert et aéré », et se dit « inquiète concernant le port du masque imposé aux enfants »28. Olivier Véran, ministre de la Santé, dénonce ses prescriptions « potentiellement délétères »29. Après des critiques sur la demi-visière transparente qu'elle porte à l'Assemblée, Richard Ferrand, président de l'Assemblée, rappelle aux députés l'obligation du port du masque couvrant « la bouche et le nez »28.
Martine Wonner apparaît dans le documentaire complotiste Hold-up de 2020
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un bac+10 n'immunise pas contre la crédulité.