Le 24 août 1572, à deux heures du matin, jour de fête de Saint-Barthélemy, au signal donné par la cloche de l'église Saint-Germain-l'Auxerrois qui sonnait le tocsin, la tuerie commença. Le massacre durera trois mois à travers toute la France, d'août à octobre.
A Paris, l'amiral de Coligny et deux mille protestants trouvèrent la mort dans cette affreuse journée. En province, il y aurait entre sept à huit mille victimes. Pendant vingt ans encore, la lutte allait se poursuivre impitoyablement de part et d'autre. Les dernières guerres eurent surtout un caractère politique. Du côté catholique, elles furent conduites par par la Ligue dont le chef le plus puissant fut Henri de Guise, assassiné a Blois par ordre d'Henri III. Celui-ci tomba à son tour sous le poignard de Jacques Clément. A partir de ce moment, Henri de Navarre restait seul héritier du trône. Après ses victoires d'Arques et d'Ivry, il mit le siège devant Paris, mais il était protestant, et la France ne voulait à aucun prix d'un roi hérétique. Henri IV le comprit et mit fin aux guerres de religion en adjurant solennellement le Protestantisme. Paris lui ouvrit ses portes et il fut sacré à Chartres en 1594.
Le dernier chef catholique qui continua la lutte en Bretagne contre Henri IV fut le marquis de Nomeny, Philippe Emmanuel de Mercoeur. Grâce aux négociations de sa soeur, Louise de Vaudémont, il se réconcilia avec le nouveau roi de France et maria sa fille avec César de Vendôme, fils de Henri IV.
Quelques mois plus tard, Henri IV promulguait l'Edit de Nantes, qui accordait aux protestants la liberté de conscience et du culte, la jouissance de leurs droits civils et certains privilèges assez dangereux pour l'Etat, comme la possession de trente places de sûreté. Par cet acte, la paix religieuse était rendue à la France, et le peuple français, en refusant de devenir protestant, avait sauvé à la fois l'ordre chrétien et le catholicisne en Europe.
