Les protestants s'organisaient et divisèrent la France en neuf provinces qu'administraient des coneils particuliers. Ils demandèrent au roi de les admettre à toutes les charges et de créer dans les parlements des chambres mi-parties.
Le roi Henri IV voulait avant tout l'unité du royaume, mais ses projets ne faisaient pas l'unanimité parmi les principaux chefs protestants qui se séparèrent de lui. Pour sauver le pays d'une nouvelle guerre civile, le roi se résigna aux concessions qui aboutirent à la promulgation de l'Edit de Nantes.
Nous sommes donc en mai 1598 et cet acte soi-disant perpétuel et irrévocable comprenait 95 articles généraux dont les principales stipulations étaient la liberté de conscience partout en France, la liberté du culte partout où il était célébré, les droits civils pour tous, l'accession aux charges accessibles aux réformés.
Les clauses de l'Edit de Nantes étaient des clauses de tolérance, mais les protestants allaient profiter de la complaisance du Roi pour obtenir des privilèges. C'est ainsi qu'ils acquérèrent une bonne centaine de places fortes ou places de sûreté.
Le Parlement de Paris s'opposa vivement à cet Edit.
L'Edit de Nantes institua dans notre pays un régime de tolérance religieuse, imposé par les circonstances, plutôt que désiré par les partis. Ce compromis ne satisfaisait personne, catholiques et protestants étaient mécontents. Ils demeurèrent hostiles à l'idée de tolérance, que chaque parti réclamait pour soi, à l'exclusion de l'autre.
Moins d'un siècle après la promulgation de ce soi-disant irrévocable Edit de Nantes, Louis XIV qui supportait mal la dissidence, voir un Etat dans l'Etat comme disait Richelieu, révoqua cet Edit en 1685.