Dès 1520, Luther lançait un appel à la noblesse chrétienne allemande disant que, conformément à la simplicité primitive des débuts du christianisme, il fallait dépouiller l'Eglise de ses richesses, s'emparer des domaines ecclésiastiques. A cet appel, petits nobles et paysans se ruèrent sur les domaines ecclésiastiques. La grand noblesse en profita également pour séculariser tous les biens de l'Eglise enclavés dans ses domaines.
Sous prétexte de vouloir ramener l'Eglise à la pauvreté évangélique, les chevaliers se jetèrent donc sur les terres des évêchés, mais ils furent écrasés par les princes plus puissants qu'eux. L'insurrection continua par la Guerre des paysans. Depuis la Saxe jusqu'en Lorraine, les insurgés se ruèrent sauvagement sur les villes, les châteaux et les couvents. Luther essaya bien de les calmer mais en vain. Alors ce grand homme religieux donna aux princes l'ordre de les exterminer. L'Histoire rapporte que dans une seule bataille, à Frankenhausen, plus de vingt mille furent massacrés. En Alsace et en Lorraine allemande, en 1525, ils furent totalement anéantis près de Saverne, par Claude de Guise et Antoine, duc de Lorraine. Les princes se jetèrent alors sur les biens de l'Eglise et devinrent eux-mêmes les chefs religieux du protestantisme dans chacun de leurs petits états.
Paradoxalement, alors que Luther avait rejeté l'autorité du pape de Rome, il y eut bientôt en Allemagne autant de papes qu'il y avait de princes luthériens et les églises catholiques devinrent des temples protestants. Devant le succès de la nouvelle doctrine, l'empereur Charles Quint dût tolérer le luthérantisme. L'Allemagne se trouvait ainsi scindée religieusement en deux parties : le parti catholique et le parti protestant.
Au cours des siècles suivants, l'Empereur catholique luttera contre les princes protestants, qui, pour se défendre, chercheront des alliances à l'étranger. De la réforme luthérienne date, en Allemagne, l'intervention étrangère dans les affaires politiques qui transformeront, aux siècles suivants, l'Allemagne en un champ de bataille européen.
