C'est à partir du pontificat d'Innocent III que l'Inquisition légatine opéra.
Elle fut surtout confiée aux Cisterciens mais déférés aux pouvoirs laïques, les hérétiques furent traités avec une sévérité extrême. Philippe Auguste était un auxiliaire dévoué de l'Inquisition tandis que l'empereur Frédéric II s'illustrait, lui qui pourtant était demi-athée, d'envoyer au bûcher les hérétiques condamnés par l'Eglise, et faisait couper la langue à ceux qui avaient eu la vie sauve.
L'affaire des Albigeois amena un renforcement de l'Inquisition et le recours au bras séculier devint une obligation. Inutile de dire que le catharisme si terriblement frappé se terra et se dissimula, devenant une société secrète dont les membres étaient éparpillés à travers le pays. Il devint donc difficile de découvrir un cathare.
Au même moment, deux milices religieuses nouvelles venaient de se constituer, les Dominicains et le Franciscains. Leur autorité était immense. En 1235, un ancien cathare, Robert le Bougre fut nomme Inquisiteur général pour le royaume de France. Cette justice acceptait sans contrôle toutes les accusations et les dénonciations, refusant toute garantie aux accusés. Pour obtenir des aveux, on utilisait les pires tortures alors que les dénonciations affluaient. Beaucoup de ceux qui avaient aidé les Inquisiteurs se retrouvaient avec un poignard dans le dos ou jetés au fond d'un ravin.
Visite du musée de l'Inquisition et de la torture de Carcassonne.
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Le spectacle de moines présidant à d'affreux supplices pour extorquer des aveux à des accusés épuisés, est révoltant. Comment l'Eglise pouvait-elle en bonne conscience recourir à des moyens si inhumains ? C'est une question que se posent beaucoup de chrétiens.
Tout cela est horrible et rendu plus affreux encore par l'appareil de justice qui accompagne ces cruautés, par la présence de ces moines qui guettent les aveux.
Ainsi telle qu'elle se présente avec ses rigueurs terribles et ses méthodes qui sont de son temps, l'Inquisition médiévale ne constitue certainement pas l'aspect du christiansime en cette époque qu;on peut le plus admirer.
Cette époque était fort différente de la nôtre, où la vie n'était pas entourée de respect. L'Inquisition bien qu'horrible, cède de beaucoup aux régimes totalitaires modernes avec ses prisons, ses camps de concentration et ses chambres à gaz.
