Jean-Aymar Le spectacle de l'apparition des espèces animales et vegetales peut inspirer une idee d'evolution. A chaque ère géologique, correspond l'émergence de nouvelles populations présentant, dans l'ensemble, des perfectionnements et une complexité croissante par rapport aux groupes plus anciennement représentés. L'explication évolutionniste rencontre cependant de graves objections : Le premier peuplement s'est opéré d'un seul coup. des le début du Cambrien il y a 500 millions d'années, apparaissent 500 espèces appartenant à sept embranchements : il y aussi bien des vers, des méduses et des éponges que des oursins et des crustacés. Et les différences séparant les embranchements se trouvaient d'emblée aussi marquées que de nos jours. On put donc dire que lorsque ces embranchements apparaissent l'essentiel de l'évolution s'est déroulé. On devrait donc en decouvrir de nombreuses traces. Or les terrains antérieurs à cette apparition sont, à part peut-être quelques algues microscopiques, absolument vierges de fossiles. dans les cent millions d'années qui suivent, tous les embranchements actuels ont fait leur apparition. Ou, plus précisément, ils ont laissé des fossiles. la fossilisation est un phénomène si rare que l'absence de fossiles d'une d'une espèce peut tout au plus signifier que l'espèce en question n'était pas extrêmemement répandue.
A noter qu'en outre que l'on a recueilli pour ces époques lointaines que des fossiles d'espèces marines : par exemple, des poissons pour les vertébrés. Plutôt que de conclure à l'origine océanique de la vie, on remarquera que les seuls terrains ayant pu conserver des fossiles aussi anciens sont des sédiments marins. Dès que l'on rencontre malgré l'érosion, des restes de terre ferme il y a environ 250-millions d'années, alors on y trouve des animaux terrestres, notamment des arthopodes : scorpions, araignées, blattes, libellules et des vertébrés batraciens et reptiles.
Le peuplement s'opère par de véritables explosions démographiques. L'exemple le plus connu concerne les reptiles à l'ère secondaire. Les fossiles montrent que ces reptiles ont vécu pendant longtemps de manière assez modeste avant de dominer le globe terrestre avec un grand nombre de types aux formes souvent excessives ou monstrueuses. Certes, l'apparition de ces formes suggère une évolution, mais une évolution limitée à l'intérieur du groupe. Pas de quoi s'étonner d'une telle évolution si l'on observe que tous les chiens, du Chihuahua au saint-Bernard, appartiennent à une seule espèce et viennent d'un seul type. Survivent ainsi inchangées ou sans èvolution notable, , des espèces provenant d'à peu près toutes les explosions démographiques, animales ou végétales, et même des plus anciennes d'entre elles : le crabe des Moluques, le nautile, la lamproie, la neopilina dont le plus récent fossile date de 350 millions d'années.
Maintenant, alors qu'il devrait y en avoir à foison, on ne trouve aucun intermédiaire, aucune forme de passage entre les groupes. Si l'on prend à titre d'exemple l'embranchement des vertébrés dont la moisson des intermédiaires passe pour être la plus riche, à l'origine on trouve les poissons, et avant : rien. on essaie bien, sans preuve, de faire venir les vertébrés de très petits animaux gélatineux qui subsistent de nos jours : les protocordés. Mais les poissons n'en apparaissent pas moins à l'ère primaire sans ancêtres connus. Les poissons auraient engendré tous les vertébrés terrestres en passant par les batraciens ou amphibiens grâce aux crosoptérygiens, des poissons dont les nageoires possédaient un squelette évoquant celui de pattes. Ces nageoires osseuses qui auraient handicapé leur nage, les auraient aidés à sortir en rampant de l'eau pour s'adapter à la vie aérienne et échapper ainsi à la concurrence de poissons plus performants. Mais cette explication que l'on retrouve souvent dans les schémas évolutionnistes, se heurte à une objection : les pattes, considérées comme des avantages, auraient été préparées par des ébauches qui ne pouvaient représenter que des inconvénients et auraient donc du se trouver éliminées. Comment donc concevoir un hasard organisant l'avenir au prix d'handicaps présents ? Comment expliquer que le coelacanthe qui est un crossoptérygien, que l'on croyait disparu depuis belle lurette, continue aujourd'hui à nager au milieu des poissons plus performants, sans avoir modifié la moindre de ses écailles ? Il n'y a donc rien entre les poissons et les batraciens, rien entre les batraciens et les reptiles. Rien non plus entre les reptiles et les mammifères, sinon des ressemblances de squelettes. On a cru qu'entre les reptiles et les oiseaux il y avait l'archéoptéryx, un animal qui possédait des caractères reptiliens et des aspects aviens mais ces particularités ne sont qualifiées de reptiliennes que par référence à la théorie évolutionniste. En réalité, l'archéoptéryx était pleinement un oiseau avec un plumage et sans doute le sang chaud. Les formes de passage manquent tout autant à l'intérieur de ces grands groupes.
