Il se trouvait parmi les Pharisiens, un nommé Nicodème, un des chefs des Juifs. Il vint la nuit à Jésus : << Maître, nous savons que vous êtes venu de Dieu car nul ne peut faire les prodiges que vous avez faites, si Dieu n'est pas en lui. >> Jesus lui repondit : << En vérite, je te l'assure, nul ne peut voir le Royaume de Dieu à moins d'être né de nouveau. >> Nicodème lui dit : << Comment un homme peut-il renaître quand il est vieux ? Peut-il entrer de nouveau dans le sein de sa mère et naître une seconde fois ? >> Jésus répondit : << En vérité, je te le dis, si quelqu'un ne renaît de l'eau et du Saint-Esprit, il ne peut entrer dans le Royaume de Dieu. Ce qui est né de la chair est chair, et ce qui est né de l'esprit est esprit. Ne t'étonne point que je t'aie dit : il faut naître de nouveau. Le vent souffle où il veut : tu entends sa voix, mais tu ne sais d'où il vient ni ou il va : ainsi en est-il de quiconque est ne de l'Esprit. >>
Par le baptême, nous recevons une nouvelle naissance, mais c'est une vie spirituelle : comme le corps vit naturellement par l'âme, l'âme baptisée vit surnaturellement par la grâce. Comme vous entendez le vent sans voir d'où il vient, de même le Saint-Esprit produit ses effets, sans tomber sous nos sens. Il accorde ses dons à qui il veut.
Nicodème reprit : << Comment cela se peut-il faire ? >> Jésus lui répondit : << Tu es maître en Israël, et tu ignores ces choses ? En vérité, je te le dis, ce que nous disons, nous le savons ; ce que nous attestons, nous l'avons vu, et vous ne recevez pas notre témoignage. Si quand je vous dis des choses de la terre vous ne croyez point, comment croyrez-vous quand je vous dirai des choses du ciel ? Car personne n'est monté au ciel, que celui qui en est descendu, le Fils de l'Homme qui est dans le ciel. Et comme Moïse a élevé le serpent dans le désert, ainsi faut-il que le Fils de l'Homme soit élevé, afin que tous les hommes qui croient en lui soient préservés de la perdition et qu'ils aient la vie éternelle. Car Dieu a tellement aimé le monde, qu'il a donné son Fils unique, afin que tout homme qui croit en lui ne perosse point, mais possède la vie éternelle. Dieu n'a pas envoyé son Fils dans le monde pour juger le mais, mais pour que le monde soit sauvé par lui. Qui croit en lui n'est point condamné, mais celui qui ne croit point est déjà condamné, parce qu'il ne croit pas au nom du Fils unique de Dieu. Or voici la cause de la condamnation ; la lumière est venue dans le monde, et les hommes ont mieux aimé les ténèbres que la lumière, parce que leurs oeuvres étaient mauvaises. Car quiconque fait le mal hait la luimière, de peur que ses oeuvres soient condamnées. Mais celui qui accomplit la vérité vient à la lumière, afin que ses oeuvres soient manifestées, parce qu'elles ont été faites en Dieu. >> - (S, Jean III, 1-21)
Jésus donne les plus profonds enseignements sur la divinité et les oeuvres. Il est venu du ciel sur la terre, et il est en même temps sur la terre et dans le ciel, par son immensité. Croire au fils de Dieu, c'est accepter sa religion et pratiquer ses enseignements : pas de salut sans cela ! A la fin du monde, Jésus viendra de nouveau et cette fois pour juger le monde. Ceux qui pratiquent franchement la vertu n'ont rien à craindre ni de Dieu, ni de sa religion.
A Jérusalem, Jésus se présente aux chefs religieux des juifs. Ceux-ci ne veulent rien entendre, et malgré quelques conversions dont celle de Nicodème, Jésus revient en Galilée où il s'adresse à des âmes simples et de bonne volonté.