Très certainement cheshire-cat, j'ai quelques exemples en tête.
En effet, la théorie de l'évolution n'est pas si certaine que ça, d'innombrables caractéristiques génétiques sont très difficiles à concilier avec cette théorie. D'une manière générale, il est justifié de dire que la science doit encore répondre d'une manière cohérente et vérifiable aux questions du fonctionnement du processus évolutif sur le plan moléculaire et génétique.
On peut classer les failles de la théorie de l'évolution d'abord dans la contradiction entre la théorie de l'équilibre ponctué et celle du gradualisme. Ensuite, le problème du passage de la micro-évolution à la macro-évolution.
En ce qui concerne la contradiction entre équilibre ponctué et gradualisme. Il existe deux mécanismes possibles pour l'évolution naturaliste qui s'excluent mutuellement alors qu'il y a des preuves en faveur des deux. Le gradualisme affirme que les organismes mutent à un rythme assez régulier, ce qui provoque une transition assez lisse entre formes de vie plus anciennes et plus récentes. C'était actuellement la thèse originelle de la théorie de l'évolution. L'équilibre ponctué, lui, affirme que le rythme des mutations est largement influencé par un ensemble unique de coïncidences, si bien que les organismes peuvent rester stables pendant de longues périodes entrecoupées d'évolution rapides.
Le gradualisme semble contredit par le registre fossile : des organismes apparaissent soudainement sans beaucoup changer ensuite, pendant de longues périodes. Le registre fossile s'est beaucoup élargi au cours du siècle dernier et plus on trouve de nouveaux fossiles, plus le gradualisme est infirmé. Cette réfutation du gradualisme par le registre fossile a donné naissance à la théorie de l'équilibre ponctué.
Le registre fossile semble appuyer l'équilibre ponctué, mais là encore, d'importants problèmes se posent. L'assertion de base de l'équilibre ponctué est qu'un petit nombre de créatures, toutes issues du même grand groupe de population, passe par les mêmes mutations positives au même moment. On peut voir tout de suite à quel point c'est improbable. Ensuite, ces quelques spécimens se séparent totalement de leur population d'origine, de manière à transmettre leurs nouveaux gènes à la prochaine génération, tout aussi improbable. Au vu de l'immense diversité du vivant, de telles coïncidences extraordinaires devraient se produire en permanence. Des études scientifiques mettent aussi en doute les avantages réels de l'équilibre ponctué. La séparation de quelques membres d'une plus grande population d'origine mène à la consanguinité, qui réduit les capacités reproductive et augmente le risque d'anomalies génétiques, si bien que les évènements censés permettre la survie des plus forts fragilisent plutôt les organismes. Quoi que puissent en dire certains, l'équilibre ponctué n'est pas une version affinée du gradualisme. Leur compréhension des mécanismes derrière l'évolution et de leur fonctionnement est très différente. Aucune ne donne une explication satisfaisante de la diversité et de l'équilibre de la vie. Pourtant, il n'y a pas d'autre option raisonnable.
Il y a une autre faille concernant le passage de la micro-évolution à la macro-évolution. Des études scientifiques ont montré que les organismes peuvent s'adapter, c'est-à-dire que la biologie des êtres vivants peut se transformer en fonction de leur environnement. Ces études montrent cependant aussi que l'ampleur de ces changements est limitée et que ces organismes n'ont pas changé de manière fondamentale. Il s'agit de petites mutations appelées micro-évolution, susceptibles de produire des changements importants, comme on le voit chez les chiens, par exemple. Tous les chiens font partie de la même espèce, mmais ils sont pourtant très divers. Cependant, même les techniques de selection les plus agressives n'ont jamais transformé de chien en une autre espèce. La diversité de taille, d'intelligence ou de longueur de poil de l'espèce canine est limitée. Sur le plan expérimental, rien ne permet de penser qu'une espèce puisse dépasser ses propres limites génétiques pour donner naissance à une autre espèce.
L'évolution à long terme requiert cependant la macro-évolution, des changements à grande échelle. La micro-évolution ferait d'un loup un chihuahua ou un saint bernard, tandis que la macro-évolution ferait d'un poisson une vache ou un canard ? La différence d'échelle entre la micro-évolution et la macro-évolution est immense. L'impossibilité de vérifier de manière expérimentale la possibilité d'un si grand nombre de petits changements, permettent de passer d'une espèce à une autre, constitue une limite de la théorie de l'évolution.
